Metaponto deriva dal greco Μεταπόντιον che significa "al di là del mare. Fu fondata da coloni Greci dell'Acacia nella seconda metà del VII secolo A.C., e divenne presto una delle città più importanti della Magna Grecia
Antiche fonti riportano che Metaponto sarebbe stata fondata dall'eroe greco Nestore di ritorno dalla Guerra di Troia, e che vi fossero state due Metaponto, una risalente appunto a quel tempo, ed un'altra achea, di età storica differente
Dove visse e, nel 490 a.C., morì il filosofo e matematico greco Pitagora.
L'antica città greca è oggi una fiorente meta balneare.